进藤光无意中发现了一个古老的围棋棋盘，而隐藏在其中的血痕竟然只有他看得见。原来那个棋盘是平安时代的棋士．藤原佐为灵魂所暂居的地方，而佐为为了追求「神乎其技」的围棋技艺，魂魄始终不肯离开棋盘，为的是寻找能与他共鸣的人。

　　他的愿望曾经一度在本因坊秀策身上达成，可惜秀策英年早逝，来不及达到佐为所追求的完美境界，直至遇到小光后，两人的因缘结合，开始了小光的围棋生涯。

在偶然的情况下，小光遇到了他生命中的宿敌－塔史亮。在佐为的指导与小亮的刺激之下，小光也渐渐的喜欢上围棋并且棋艺也日渐精进。

　　而小亮先是见识到小光（其实是佐为）的棋艺而头一次尝试到戒慎恐惧之感，后却在看过真正的小光的实力后，对小光失望至极。而后发誓不让进藤光追上！而《棋魂》，就是主角进藤光+藤原佐为与塔史亮在互相的影响与激励下，一起成长！